教育特色
教育理念、建校精神和校训
例如：青山学院的教育将永远以基督教信仰为基础（青山学院大学）。
例如：基督教品德教育（明治学院大学）。
在许多情况下，经文和相关关键词（服务、信仰、爱邻人、地球之盐、世界之光等）被用于本科教育和课程开发，并在其中得到体现。
基督教相关课程
设立了 "基督教研究 "课程。
一些大学，如青山学院大学和明治学院大学，将其设置为必修课程，以培养学生的基督教知识，作为 "选择并进入基督教学校的证明"。
在青山学院大学，"基督教概论 "是所有学生的必修课，要求学生在课堂上学习《圣经》的内容，多次参加礼拜仪式，并提交 "礼拜报告"。
新教
路德教会-路德学院
九州路德学院
归正会和长老会
明治学院大学
费里斯大学
东北学院大学
宫城学院女子大学
国际基督教大学
北星学院大学
北陆学院大学
金城学院大学
梅子学院大学
大阪学院大学
大阪学院短期大学
四国学院大学
圣克里斯托弗大学
公理教会
梅花女子大学--由日本人梅本町公会和浪速公会创办的自立基督教学校。 因此，它并不是原始意义上的教会学校。
同志社大学 - 最初在美国董事会的影响下成立，后来成为一所独立的基督教学校。
同志社女子大学--同上。
京和学院大学--同上。
神户学院大学
京叶学园前桥国际大学
松山东之女女子大学
奥德短期大学
新岛学园短期大学 - 由当地志愿者在新岛的出生地建立的一所基督教学校，与同志社创始人新岛城的教育政策产生共鸣，并非最初意义上的传教士学校。
浸信会
关东学院大学
西南学院大学
西南学院大学
正庆学院大学
姬路桧本短期大学
卫理公会
关西学院大学
青山学院大学
镇西学院大学
福冈学院大学
福冈学院短期大学
福冈学院看护专门学校
弘前学院大学
广岛学院大学
甲水女子大学
名古屋学院大学
名古屋学院大学
静冈英和学院大学
静冈英和学院大学短期大学部
东洋英和学院大学
山梨荣和大学
大阪基督教短期大学 - 附属于日本自由卫理公会
日本基督教会-其他
中部学院大学 - 以岐阜外见学院为基础的基督教大学。
中部学院大学短期大学部
茨城基督教大学 - 基督教会神学院的母体(基督教会，非乐器)。
聖學院大學 - 基督門徒神學院的母體（基督教會，非音樂）。
京泉工学院大学--不是传教士学校，因为它是由河合道人为女性教育而建立的，不是为基督教传教工作而建立的。
盛冈大学
长崎外语大学
东京女子大学
东京基督教大学--由几个福音派新教教派开办，主要是日本基督教联合教会。
东京神学大学 - 日本基督教联合教会开办的神学大学。
圣和大学 - 由隶属于联合教会的神户女子神学院和隶属于卫理公会的Rambus女子学院合办。
日本圣公会
桃山学院大学
桃山学院教育学院
立教大学
立教学院短期大学
神户松荫女子短期大学
神户松荫女子学院大学短期大学部
神户国际大学
圣路加国际大学
平安学院大学
名古屋龙城女子大学
名古屋龙城短期大学
天主教会
根据天主教会法，只有经主管主教授权的学校才能自称为 "天主教学校 "或 "天主教大学"(Can. 803 § 3, Can. 808)。
以下是括号内的创办和管理机构的教会和传教会
富士女子大学（圣乔治殉道者方济各会（英文版）
天使大学（圣母方济各会，圣母传教会）
仙台白百合女子大学（沙特尔圣保罗修女会）
上智大学
上智大学短期大学
圣心大学（圣心会）
圣泉女子大学（圣心修女会）
白百合女子大学（沙特尔圣保罗修女会）
东京纯心大学（长崎纯心圣心修女会）
圣泉学院大学（圣心会）
圣泉学院短期大学
南山大学（圣言会）
南山大学短期大学部
京都圣母女子大学(圣母教育会)
神户开成女子短期大学（圣母方济各会传教修女会）
圣母圣心女子大学（那慕尔圣母修女会（英文版）
伊丽莎白音乐大学
圣凯瑟琳大学（圣多米尼克传教女修会）
圣凯瑟琳大学初级学院
圣玛丽学院大学
长崎君实大学 (长崎君实圣母会)
鹿儿岛纯真女子大学（长崎纯真圣母会）
圣玛丽安娜医科大学
青森明之星短期大学（圣母升天会）
圣灵女子短期大学（圣灵奉献传教修女会）
圣园学园短期大学（圣心传教修女会）
圣母樱花女子短期大学
圣比学园短期大学（圣母救济会）
大阪信爱学院大学（圣母青年会）
大阪信爱学院大学短期大学部 (圣母救援会)
和歌山信爱女子短期大学（修斐耶稣青年会）
久留米信爱女子短期大学（圣斐斐青年耶稣会）
其他
津田学院--其创始人津田梅子是一名基督徒，校园内有一个小教堂，但它不是所谓的传教士学校，因为它不以传教为目的。
日本女子大学（Japan Women's University）--虽然不是一所宣教学校，但其创始人成濑仁三是一名基督徒，曾在美国生活等地接触过基督教思想，并决定在日本建立一所女子高等教育机构。 Naruse还担任过Baika女子学校（现在的Baika女子大学）的校长。
玉川大学（Tamagawa University）--虽然不是一所传教士学校，但玉川大学的部分教育采用基督教思想，因为其创始人是日本基督教会的一名基督徒。 校内还设有小教堂。
仙石学园音乐大学 - 虽然不是传教士学校，但其创始人是一名基督徒，学校的名称源自《圣经》。
八户学院大学和八户学院大学短期大学 - 不是传教士学校，但创始人是天主教徒，学校在图书馆内设有小教堂。 宗教学和基督教概论是必修课。
山育学院大学 - 该大学由基督复临安息日会创办。 它自称是一个新教教派，但也可以被看作是一个新的基督教宗教。 该校还有一所神学院，即山阳学院大学。
北海道大学（Hokkaido University）--
北海道大学是一所国立大学，但不是一所传教士学校。北海道大学早年由克拉克博士（Dr Clark）以基督教精神进行教育（札幌带），这一理念一直沿用至今。 该校还提供宗教文化学士学位。 该校还设有Nitobe学院，以原札幌农学院的贵格会毕业生Inazo Nitobe命名。
。
