1990年代以降、学部に基礎を置かない大学院独立研究科の創設が相次ぎました。1991(平成3)年には国際開発研究科、1992(平成4)年には人間情報学研究科、1995(平成7)年には多元数理科学研究科、1998(平成10)年には国際言語文化研究科、2001(平成13)年には環境学研究科、2003(平成15)年には情報科学研究科をそれぞれ設置しました。同時に既設学部も、いわゆる大学院重点化により、大学院を中心とする組織に改組しました。学部の教育体制の面では、1993(平成5)年には教養部を廃止し、翌年から4年一貫教育を導入しました。また、これにともなう組織の再編成により、1993(平成5)年に9番目の学部として情報文化学部を設置しました。
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