2004(平成16)年、国立大学法人名古屋大学として新たなスタートを切りました。2005(平成17)年には、環境に調和した世界の持続的な発展を目指すエコトピア科学研究所を設置しました(2015年未来材料・システム研究所に改組)。そして2012(平成24)年、本学の長年の悲願であった薬学系部局として、大学院創薬科学研究科を設置しました。2015(平成27)年には、新制大学設置以来の歴史を持つ太陽地球環境研究所などを統合して、宇宙地球環境研究所が設置されています。また、2017(平成29)年、大学院情報科学研究科と情報文化学部を基礎とし、大学院工学研究科・工学部、大学院環境学研究科、大学院国際言語文化研究科の一部が合流して、大学院情報学研究科・情報学部を新設しました。同年には、大学院文学研究科、大学院国際言語文化研究科などを改組し、大学院人文学研究科も新設されています。
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