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1583年，苏格兰国王詹姆斯六世特许成立"唐尼斯学院"（Tounis College），这所后来被称为爱丁堡大学的学府，诞生于欧洲文艺复兴时期。与英格兰古老大学不同，它的建立源于爱丁堡市政厅对知识传播的追求。首任校长罗伯特·罗洛克在旧城区租用民房开课，最初设立神学、法律、医学和哲学四个学部。
17世纪的爱丁堡大学展现出开拓精神。数学系教授约翰·纳皮尔在此发明对数计算法，其手稿至今保存在大学图书馆特藏室。当时建立的解剖教室（1697年）成为医学教育的重要场所，尽管解剖研究在当时仍面临诸多限制。
18世纪的爱丁堡大学成为启蒙思想的重要发源地。哲学家大卫·休谟在此形成其哲学体系的雏形；经济学家亚当·斯密在校园里酝酿《国富论》的思想。这一时期的重要发展包括：
教学语言革新：引入英语授课（1722年）
教育包容性：早期接纳女性旁听（1780年代）
医学进步：约瑟夫·布莱克发现二氧化碳（1754年）
乔治广场校区（现老学院）的建立（1826年）标志着大学从分散教学走向集中校园。其圆顶建筑由威廉·亨利·普莱费尔设计，成为爱丁堡城市景观的重要组成部分。
19世纪的爱丁堡大学迎来重要科学发现：
物理学家詹姆斯·克拉克·麦克斯韦建立电磁学理论
外科医生约瑟夫·李斯特推广消毒手术方法（1867年）
早期女性医学毕业生伊丽莎白·布莱克威尔（1869年）的成就引人注目
麦克尤恩厅（1880年）的建立为学生活动提供了重要场所。化学系的研究活动因频繁实验而被市民称为"学者的工作室"。
两次世界大战期间，爱丁堡大学发挥重要作用：
医学院承担战地医生培训工作
物理系参与重要军事技术研发
哲学研究取得显著进展
战后扩建的国王校区（1960年代）容纳了重要的人工智能研究设施。1972年开发的计算机程序"PARRY"在人工智能领域产生重要影响。1998年合并的爱丁堡艺术学院，丰富了大学的学科构成。
21世纪的爱丁堡大学继续推进知识前沿：
2002年建成规模可观的大学图书馆（250万册藏书）
2015年在生物医学领域取得重要研究成果
2020年参与重要疫苗研发工作
校园内历史悠久的"旧学院回廊"仍保留着传统的钟声，而现代化的研究设施则在各个学科领域开展前沿探索。这种历史传承与创新发展的结合，体现了爱丁堡大学的独特品格。
从早期的人文学科研究到现代科学技术发展，爱丁堡大学始终致力于知识探索与传播。其校训"智慧导源于怀疑"（Nec temere nec timide）所体现的求真精神，继续指引着这所学府的学术追求。
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