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约翰霍普金斯是一所位于马里兰州巴尔的摩的私立大学，也是美国第一所研究型大学。学校以医学、公共卫生、空间科学、国际关系、、生物工程、文学及音乐等学科而闻名世界，也是哈勃空间望远镜和韦伯空间望远镜的地面控制中心所在地。
尽管是一所私立大学，霍普金斯大学常年获得美国联邦政府的巨额科研拨款。截止至2012年，约翰·霍普金斯大学共有36名校友获诺贝尔奖。而该校医学院的教学研究单位约翰霍普金斯医院连续21年被评为全美最佳医院，这也是就读该校生物医学工程专业最有前途的原因之一。
2. 杜克大学（Duke University）
杜克大学是一所位于北卡罗来纳州达勒姆的一所私立大学，知名校友包括美国总统尼克松和苹果现任首席执行官库克。其法学院和医学院都是全美前十的研究院，商学院和工程学院也名列前茅。杜克大学虽历史并不像东岸常春藤盟校那样悠久，但因其杰出的学术实力而被称为南部的常春藤。
3. 佐治亚理工学院（Georgia Institute of Technology）
位于佐治亚州亚特兰大市的佐治亚理工学院是美国顶尖的理工学院。又因为它是一所公立大学，招生规模比私立大学要大很多，因此录取率也要要高出很多。在整个工程领域的排名中，佐治亚理工位列全美第五。
4. 麻省理工学院（Massachusetts Institute of Technology）– 并列
麻省理工学院可谓全美乃至全球顶尖的理工学院。截至2015年，麻省理工共有84位诺贝尔奖得主、52位国家科学奖章获得者和2名菲尔兹奖得主。麻省理工的工程系在全美炙手可热，其研究生项目中的生物科学和化学也都高居榜首，可以成为生物医学工程专业本科毕业生的选择之一。
4. 莱斯大学（Rice University）– 并列
坐落于德州休斯顿的莱斯大学是一所私立综合性大学，与杜克大学和范德堡大学齐名，素有南方哈佛之称。莱斯大学以理工科闻名，工程系和医学预科的录取率向来较低，竞争激烈。
4. 斯坦福大学（Stanford University）– 并列
坐落在加州斯坦福市的私立大学斯坦福大学算得上是美国西岸最精英的高校，与东岸的哈佛、耶鲁及普林斯顿齐名。斯坦福的校友包括谷歌创始人、雅虎创始人、惠普创始人、思科创始人、英伟达创始人等。斯坦福大学的工程系名列全美第一，医学院全美第二，研究生项目里的生物科学全美第一，化学全美第四，这些都是对在斯坦福就读生物医学工程专业十分有利的因素。
附1：全美生物科学研究生专业TOP10
1. 哈佛大学——并列
1. 麻省理工——并列
1. 斯坦福大学——并列
4. 加州大学伯克利分校
5. 加州理工学院——并列
5. 约翰霍普金斯大学——并列
7. 加州大学旧金山分校——并列
7. 耶鲁大学——并列
9. 普林斯顿大学——并列
9. 斯克利普斯研究所——并列
