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与西班牙高级科学研究理事会（CSIC）的拥有一些合办的研究中心，更加凸显了学校浓厚的科研氛围。自从马德里自治大学于1968年建校以来，就已经拥有了这种科研氛围。在当时，该校有五个院系（科学院，法学院，文学院，医学院和政治经济商学院），这五个院系零散的分布在马德里的各个地区。但这一情况并持续的时间并不长，1971年10月25日，Cantoblanco校区正式投入使用，也就是该校的主要校区。
Cantoblanco校区毗邻Alcobendas以及San Sebastian de Los Reyes，在马德里B1区。共计2 252 000 m² 。另外有位于马德里北部的医学院独立校区。在2014年的GreenMetric 世界绿色校园排行榜中名列第33名。 根据一项2013由西班牙世界报的研究，在50多个最普遍的专业中，马德里自治大学的生物学，护理学，医学，物理学和法学专业位于顶尖位置。综合排名是所有西班牙大学第三。根据最新QS World University Rankings® QS世界大学排名2019，马德里自治大学名列第159位，位于西班牙第一。2020QS世界大学排名，马德里自治大学位列第192位。2022年QS世界大学排名，马德里自治大学在自然科学类位列第79位、现代语言学专业第86位、心理学专业第89位。
硕士专业：
Máster Universitario en Antropología Física: Evolución y Biodiversidad Humanas
Máster Universitario en Biodiversidad
Máster Universitario en Biomoléculas y Dinámica Celular
Máster Universitario en Biotecnología
Máster Universitario en Ciencias Agroambientales y Agroalimentarias
Máster Universitario en Ecología
Máster Universitario en Electroquímica, Ciencia y Tecnología
Máster Universitario en Energías y Combustibles para el Futuro
Máster Universitario en Física de la Materia Condensada y de los Sistemas Biológicos
Máster Universitario en Física Nuclear
Máster Universitario Erasmus Mundus en Física Nuclear
Máster Universitario en Física Teórica
Máster Universitario en Genética y Biología Celular
Máster Universitario en Gestión de Residuos y Aguas Residuales para la Recuperación de Recursos
Máster Universitario en Ingeniería Química
Máster Universitario en Matemáticas y Aplicaciones
Máster Universitario en Materiales Avanzados, Nanotecnología y Fotónica
Máster Universitario en Microbiología
Máster Universitario en Nanociencia y Nanotecnología Molecular
Máster Universitario en Nuevos Alimentos
Máster Universitario en Química Aplicada
Máster Universitario en Química Orgánica
Máster Universitario en Química Teórica y Modelización Computacional
Máster Universitario Erasmus Mundus en Química Teórica y Modelización Computacional
