以下是2020QS亚洲大学排名之日本大学榜单：
| 2020排名 | 2019排名 | 学校 |
| 13= | 11 | 东京大学 THE UNIVERSITY OF TOKYO |
| 15 | 14 | 京都大学 KYOTO UNIVERSITY |
| 17= | 18 | 东京工业大学 TOKYO INSTITUTE OF TECHNOLOGY |
| 22 | 16 | 大阪大学 OSAKA UNIVERSITY |
| 23 | 23 | 东北大学 TOHOKU UNIVERSITY |
| 28 | 26= | 名古屋大学 NAGOYA UNIVERSITY |
| 29 | 29 | 北海道大学 HOKKAIDO UNIVERSITY |
| 30 | 30 | 九州大学 KYUSHU UNIVERSITY |
| 38 | 36 | 早稻田大学 WASEDA UNIVERSITY |
| 41 | 42 | 庆应义塾大学 KEIO UNIVERSITY |
| 49 | 46 | 筑波大学 UNIVERSITY OF TSUKUBA |
| 64 | 59 | 神户大学 KOBE UNIVERSITY |
| 74= | 70= | 广岛大学 HIROSHIMA UNIVERSITY |
| 81 | 77 | 一桥大学 HITOTSUBASHI UNIVERSITY |
| 2020排名 | 2019排名 | 学校 |
| 105 | 102 | TOKYO MEDICAL AND DENTAL UNIVERSITY |
| 108 | 116 | TOKYO METROPOLITAN UNIVERSITY |
| 116= | 110 | CHIBA UNIVERSITY |
| 123 | 121 | TOKYO UNIVERSITY OF AGRICULTURE AND TECHNOLOGY |
| 129 | 128= | KANAZAWA UNIVERSITY |
| 141 | 163 | RITSUMEIKAN UNIVERSITY |
| 142 | 133 | TOKYO UNIVERSITY OF SCIENCE |
| 143= | 140 | NAGASAKI UNIVERSITY |
| 143= | 148= | OSAKA CITY UNIVERSITY |
| 155 | 161 | YOKOHAMA NATIONAL UNIVERSITY |
| 156= | 132 | OKAYAMA UNIVERSITY |
| 162 | 141= | KUMAMOTO UNIVERSITY |
| 181= | 160 | OSAKA PREFECTURE UNIVERSITY |
| 181= | 165 | SOPHIA UNIVERSITY |
| 198= | 170 | NIIGATA UNIVERSITY |
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