加拿大生物工程包括五大工程，即遗传工程(基因工程)、细胞工程、微生物工程(发酵工程)、酶工程(生化工程)和生物反应器工程。在这五大领域中，前两者作用是将常规菌(或动植物细胞株)作为特定遗传物质受体，使它们获得外来基因，成为能表达超远缘性状的新物种：“工程菌”或“工程细胞株”。后三者的作用则是这一有巨大潜在价值的新物种创造良好的生长与繁殖条件，进行大规模的培养，以充分发挥其内在潜力，为人们提供巨大的经济效益和社会效益。
McGill大学生物工程系
McGill的生物工程系是加拿大成立最早的生物工程系，在人造细胞、脑成像技术、细胞封装等领域都曾取得过辉煌的成就。依托于全加拿大排名第一的医学院，该生物工程系的很多研究是面向实际的临床需要，这与很多设在工程院下的BME系有很大的不同。
该系现有30个Faculty，90个研究生，奖学金资源也比较丰富。研究方向包括信号、系统与建模；生物材料与组织工程；片上实验室与生物传感器；纳米粒子与纳米医药；人造系统和给药；神经成像；蛋白质组学以及个性化医药。
多伦多大学
多伦多大学坐拥着世界规模前三的图书馆体系，它的出版社在加拿大乃至全北美也影响深远。多伦多大学每年发表的科研论文数量在北美仅次于哈佛大学，引用数量位居世界前五。主要学术贡献（但不限于）：干细胞及胰岛素的发现，电子起搏器、多点触摸技术、电子显微镜、抗荷服的发明和发展，NP完全理论，以及发现经核证的黑洞。
多伦多生物材料/医学工程所(IBMBE)成立于1962年，是加拿大的生物工程研究中处于领军地位。该所现有35个核心教授，250个研究生。该研究所主要有四个研究方向：神经、感官系统和康复工程；生物材料、组织工程和再生工程；纳米技术、分子成像和系统生物学；临床工程。
麦克马斯特大学
麦克马斯特大学成立于1887年，位于加拿大安大略省优美的旅游城市汉密尔顿。由加拿大参议员William McMaster捐赠九十万加元成立。20世纪以来，麦马以其独特的创新性和求实理念而成为加拿大最著名的公立大学之一。麦克马斯特大学连年被麦克林杂志誉为最富有创造力与革新精神的学府。开创了问题驱动教学法，影响了整个北美教学体系。
麦克马斯特大学生物工程学院有近90个教授，分布于学校内的计算机、生物化学、电子工程、医学物理和应用辐射科学等系内。研究方向包括生物材料和组织工程、生物医学成像、医疗机器人、生物光电、生物医学技术和生物处理。
