光秀谋反说：
光秀谋反是目前最被广泛接受的说法。支撑这一说法的理由也有不少。比如说，在织田信长宴请德川家康时，担任飨宴总干事的明智光秀本做了周密计划来招待客人，但在第三晚时，准备的菜肴因为天气原因发出了恶臭的味道，恰好被巡视厨房的织田信长发现，因此织田信长一怒之下当众羞辱了明智光秀，并罢免了他的职务。
而在之前平定丹波国的战役时，明智光秀将其母亲（也有说法）作为人质交给八上城，说服城主波多野兄弟前往信长处。然而信长杀害了兄弟俩人，结果在八上城的光秀的母亲也被杀害。另外在封地大小和政治理念等方面，明智光秀与织田信长也有不同的意见分歧。因此种种迹象也为光秀谋反说提供了支持。
秀吉谋反说：
另一个比较被广泛接受的说法是丰臣秀吉与明智光秀合谋造反，但丰臣秀吉在本能寺之后出尔反尔，以为主公复仇之名击败明智光秀。
这一说法主要的疑点在于丰臣秀吉在本能寺之变前后的状态变化过于明显。和毛利家的决战持续多日，然而在本能寺之变发生后丰臣秀吉却迅速与毛利家停战议和，并在短短五天之内率大军从备中的高松城赶到近畿地区的山崎。而丰臣秀吉与明智光秀作为织田信长的家臣，曾共事过较长时间，关系不浅。
因此，作为本能寺之变之后直接获益最大的丰臣秀吉，的确也难逃怀疑。
朝廷黑幕说：
这一说法有小和田哲男、立花京子等历史学者支持。这一学说认为，当时日本的正亲町天皇希望织田信长接任征夷大将军一职、开设幕府，而已知此事的织田信长却刻意避而不见。再加上信长在1578年辞去右大臣事件、天正改元事件、正亲町天皇让位事件等多次双方冲突下，朝廷认为拒绝开设幕府的信长有可能是想推翻原有的天皇制度，因而联合支持朝廷的明智光秀发动本能寺之变。
当然关于本能寺之变的起因还有更多的观点，并都有一定支撑理由，但在此就不多赘述。
不论本能寺之变的真相是什么，它都已经随着织田信长、明智光秀、丰臣秀吉等人一起长眠于地下了，而留给我们的，也就只有这一桩千古谜案了。
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