香港科技大学有5个学院,分别为理学院、工学院、工商管理学院、人文社会科学学院及霍英东研究院,并将设立第6个学院,创新与科技管理学院。前3者提供本科生及研究生课程;人文社会科学学院主要开办研究生课程,并且已于2011学年开办第一个学士学位课程(环球中国研究:人文及社会科学理学士),同时为全校本科生提供通识教育;霍英东研究院位于广东省广州市南沙区,以扩大科大在学术研究方面的影响力。
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理学院
生物化学
生物学
化学
数学
物理学
应用物理学
大气环境科学
海洋环境科学
分子生物医学科学
理学院设有五个学系,包括生物化学、生物学、化学、数学和物理学系。学生人数1800左右,约占全校的四分之一。
理学院与多间海外知名大学,建立了一个紧密联系的国际交流计划,为同学们提供本校以外的学习机会,体验海外学习生活模式。计划自1996年成立至今,已有多位内地同学参加,均获益良多,今后还将进一步扩大交换地区和名额。
工学院
化学工程学
化学及生物产品工程学
化学及环境工程学
土木工程学
土木及环境工程学
土木及结构工程学
土木基建工程及管理
计算机工程学
计算机科学
计算机科学 — 资讯工程
电机及电子工程学
电子工程学
电子工程学 — 信息及通讯工程
工程企业管理
环境工程
工业工程及工程管理学
工业工程及物流管理学
资讯科技
集成电路设计工程
智能建筑物技术与管理
物流管理及工程学
机械工程学
机械工程学 — 屋宇设备
电信学
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会计学
经济学
经济及财务学
财务学
环球金融
计量财务学
综合商业管理学
环球商业管理
资讯系统学
组织管理学
市场学
营运管理学
财务份析学
资讯系统管理学
投资管理学
香港科技大学工商管理学院(香港科大商学院)成立仅十余年,却已成为公认的亚洲第一商学院。同时,科大商学院的成就得到学术界广泛尊重与肯定,赢得国际声誉。高度的学术评价不单使商学院成为本地学生升学的首选,也吸引愈来愈多海外学生,名扬海外。香港科大商学院现已挤身于世界最优秀商学院之列。
社会学院
人文及社会科学通识研究
中国研究
人文学
社会科学
人文社会科学学院则开设硕士及博士学位课程,并为全校本科生提供通识教育。
2011年新开环球中国研究(Global China Studies)的本科课程。
霍英东院
研究中心:
先进复合材料技术研究中心
应用基因组中心
大气研究中心
生物工程暨生物医疗仪器中心
人口与可持续发展中心
工程材料及可靠性研究中心
绿色产品及加工技术研究中心
高分子成型过程和系统中心
数字生活研究中心
高等研究院
科大现为香港仅有的设有高等研究院(高研院)的大学,委员包括多名诺贝尔奖得主,如杨振宁(物理学奖)、阿列克谢.阿布里科索夫(物理学奖)、戴维·巴尔的摩(医学奖)、朱棣文(物理学奖)、阿龙·切哈诺沃(化学奖)、戴维·格娄斯(物理学奖)、艾伦·黑格(化学奖)、H·罗伯特·霍维茨(医学奖)、李远哲(化学奖)、佛力·梅拉(医学奖)、道格拉斯·D·奥谢罗夫(物理学奖)、丁肇中(物理学奖),另有数学界最高荣誉菲尔兹奖得主米高·阿蒂亚等。高研院将驱动跨学科与跨院校的协作项目,与全国学界、工商界、社会团体及政府机构建立紧密的伙伴关系,携手努力在学术与科学世界创出新气象,把香港转化成全球创意与知识力量的重要源泉。
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