根据设立主体的不同，日本高等教育机构可分为国立、公立和私立三大类，这三类院校各具特色,共同构成日本完整的大学体系。
国立大学
由日本中央政府全额出资设立，2004年后依据《国立大学法人法》成为独立法人，现共有86所,约占全国大学总数的12%
特点：科研实力突出，专业设置侧重研究型领域
代表院校：东京大学、京都大学
学费：年均约50万日元(约合人民币2.5万元)
公立大学
由地方政府出资运营，资金主要来源于地方税收，现共有90所左右。
特点：与地方产业紧密合作，特色专业突出
代表院校：大阪市立大学、横滨市立大学
学费：介于国立与私立之间
私立大学
由民间机构创办，数量最多，在校生占比约80%。
特点：类型多样，招生灵活
代表院校：早稻田大学、庆应义塾大学
学费：年均超过100万日元
