东京科学大学自2007年起推出了国际研究生项目（IGP），通过全英文授课的硕士和博士课程吸引全球学子，显著推动了学校的国际化。IGP项目涵盖了学校的大部分专业，并分为三个子项目：
IGP(A)- 综合与奖学金导向
每年9月招生，面向日本及国际学生。该项目的特色在于其独特的综合博士教育课程，允许you秀学生在3至5年内高效完成硕博连读，并有机会获得校方推荐，申请日本文部科学省（MEXT）奖学金。同时，项目也提供常规硕士课程，涵盖五大跨学科研究主题。
IGP(B)- 合作专项
每年9月入学，专为特定国际合作项目（如与清华大学的联合培养项目）的学生设计。
IGP(C)- 主流灵活通道
每年4月和9月均有招生，提供标准的硕士（2年）和博士（3年）学位，适用范围最广。依托六大学院的资源，开设18个专业（其中数学、化学、社会人文科学仅招收博士生）。
自2025年春季入学起，IGP项目的申请流程将有一项重要更新：英语水平测试报告（如托福、雅思）将不再是强制提交项。该要求已从官方招生简章中移除。学校将主要通过申请过程中的面试、笔试以及与申请人的直接沟通来评估其英语能力是否符合要求。
