据日本文部科学省发布，日本目前拥有国立大学86所，公立大学86所，私立大学603所，计779所大学。
由于世界大学排名主要看论文数和引用数等指标，所以担负着研究机构的角色的国立大学通常有较好的世界排名。而名牌私立大学的教学制度更为先进，培养的学生综合素质高，在日本非常受认可，因此在找工作时极具优势。比如：早稻田大学和庆应义塾大学，在日本人眼中地位极高，有着无可撼动的社会地位和极好的口碑，企业对其毕业生的满意度调查里，早庆双雄常年位居前三。
日本官方没有私立大学排名，依据国立大学排名及日本民间一般对大学会有一个印象上的大致分级，大致是结合了大学学术水平和就业水平后的一个综合认识，比较能反应日本人眼中大学的档次。
日本民间排名把日本的大学共分为了S级到F级。其中，S级大学最好，是国际超一流大学；A级其次，是次国际一流大学；再往下是B类国内一流大学、C类国内次一流大学、D类国内二流大学，依次类推，超过600所大学被归为E、F级别大学。
另外，日本各大学所加入的大学联盟，也类似中国的C9联盟，能反应出日本哪些大学处于第一集团。
日本国内共有779所学部大学（学历对应我国870余所本科大学）及众多专门学校（学历对应我国大专、专科院校），但因中国政府不承认日本专门学校学历，所以大多留学生还是选择进大学。
国内有112所211院校，39所985院校，而日本并无类似211、985之类的工程，若对应211、985，在日本进修的同学，最好考入国公立大学排名前45及私立大学排名前35的大学，进一步追求的同学可以选择前二十的国公立大学（不包括国立前十大学）及私立的前十五名大学（不包括早庆）。
学霸们或日语十分优秀的同学可以考前十国立（自信考满分的可以试试东京大学京都大学之类）及私立双雄早庆。
以下为日本综合国立大学、公立大学、私立大学多角度排名（非仅学术排名），仅供参考。
S级大学－国际超一流大学
【S1】：东京大学。
【S2】：京都大学。
A级大学－国际一流大学
【A1】：东京工业大学、一桥大学、庆应义塾大学。
（庆应义塾大学）
【A2】：大阪大学、东北大学、名古屋大学。
【A3】：九州大学、北海道大学、早稻田大学。
（早稻田大学）
B级大学－国内一流大学
【B1】： 神户大学、东京外国语大学、筑波大学。
（神户大学）
（筑波大学）
【B2】：横滨国立大学、千叶大学、广岛大学、御茶水女子大学。
【B3】：首都大学东京、东京学艺大学、大阪外国语大学（现为大阪大学外国语学部）、大阪市立大学、上智大学、同志社大学。
C级大学－国内次一流大学
【C1】：金泽大学、冈山大学、熊本大学、电气通信大学、东京艺术大学、大阪教育大学、京都工艺纤维大学、名古屋工业大学、东京理科大学、明治大学、青山学院大学、关西学院大学、立教大学。
（熊本大学）
【C2】：埼玉大学、新泻大学、静冈大学、中央大学奈良女子大学、东京海洋大学、东京农工大学、九州工业大学、横滨市立大学、大阪府立大学、京都教育大学、名古屋市立大学、学习院大学、立命馆大学。
（新泻大学）
【C3】：法政大学、关西大学、明治学院大学、专修大学、滋贺大学、信州大学、群马大学、茨城大学、京都府立大学、小樽商科大学、南山大学、成蹊大学。
（明治学院大学）
D级大学－国内二流大学
东洋大学、驹泽大学、国士馆大学、东海大学、龙谷大学、甲南大学、武藏大学、东京都市大学等。
地方国公立大学、首都圈京阪神地区中日本地区各大中坚私立大学、专业性理工科大学等近50所大学。
E级大学－三流大学
不入流国公立大学、首都圈普通私立大学等近100所大学。
F级大学－四五流不入流大学
近500所各式各样私立大学。
