1、国立大学
国立大学，是指日本国家政府直接设立的大学，由国家全额出资建立，国立大学的专业设置比较倾向于研究性，以科研成果为宗旨来开设专业。
日本现有国立大学共86所。比如东京大学、京都大学、大阪大学、北海道大学、东北大学、名古屋大学、九州大学，这7所日本著名国立大学被统称为“旧帝国大学”。其他较知名的还有筑波大学、千菜大学、神户大学、一橘大学等。
外国留学生在申请国立大学的本科课程时，一般需要先参加日本留学生考试，然后再进行校内考，根据两项考试的综合成绩来判定合格与否。
申请大学院一般是先获取教授的内诺，再参加校内考，这时如果有GRE成绩会很加分。
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2、公立大学
公立大学，是指由日本地方政府出资设立并运营的大学公立大学较之于国立大学的总体研究水平来说，略微处于下风，但其专业设置也较倾向为学术性.由于是由地方公共团体经营，所以对于住在当地的学生，会减免学费。公立大学的招生人数相对较少，院系也比较有限，大多是小规模运营。公立大学与本地紧密相连，毕业后在本地就业会有优势。
日本现有公立大学共99所。比较知名的有东京都立大学、大阪公立大学、横滨市立大学、名古屋市立大学静桌立大学、北九州市立大学等。其中，东京都立大学是由东京都政府出资设立，也是东京唯一的公立大学。
3、私立大学
私立大学是指由学校法人设置并运营的大学，由民间经营者经营。由于私立大学自负盈亏，所以普遍来讲私立大学的专业设置比较倾向于就业率
私立大学的入学方法因学校而异。例如，对于外国留学生来说，除了普通的EJ+入学校内考以外，也有进行AO入学考试和推荐入学考试的学校，只通过各大学的个别考试也能入学。
日本现有私立大学共620所，是三类中数量最多的。比较知名的有早稻田大学、庆应义熟大学、上智大学.
东京理科大学，以及著名的MARCH五校: 明治大学、青山学院大学、立教大学、中央大学、法政大学。
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