首先，什么是语系？
在19世纪，欧洲比较派研究了世界上近一百种语言，发现某些语言的某些声音，词汇和语法规则之间存在对应关系。人们根据不同种族和地区使用的语言的相似性将语言分为不同的语言家族。如果语言族之间的词汇具有明显的对应关系，则将它们划分为相同的语系。
日语语言家族一直是学术界争论的焦点，基本上，它可以分为五类：
第一种观点是，即使日语属于阿尔泰语系。也只能基于Macro-Altaic理论（Macro-Altaic theory）建立，因为韩语具有Altaic语族的某些语言特征，而日语和韩语有许多相似之处。 。
第二种观点是日语和韩语属于一个新的语言家族。持这种观点的学者认为，日文语法和韩文语法惊人地相似。它们都使用主语-宾语-谓语序列，并且都在历史上深受古代中国人的影响。因此，一些学者认为日语和韩语是新的语言家族，是阿尔泰语和汉藏语言的混合体。但是，日韩语之间缺乏同源词认识也成为反对学者反驳这一观点的有力证据。
第三种观点是日语和琉球语属于新的语言家族，即日本语系。由于日本与琉球之间确实有很多相似之处，这种观点得到了一些学者的支持，但仍未被广泛认可。
第四种观点是，日语与朝鲜语一样，是一种孤立语言，与世界上目前已知的语言家族无关。持这种观点的学者通过“同源词问题”来支持这种观点。
第五类是日语应该属于汉藏语系的藏缅语系。一些以西田达夫为代表的日本学者认为，日语的词序与大多数藏缅语相同（除了克伦语和缅甸语）。除了白语外，据研究这两种语言分别受主语-宾语-泰语和汉语的影响，并成为主语-宾语-宾语的次序），日语固有词也具有与缅甸语和汉语相似的词汇。南方方言，甚至在语音方面。还有很多相似之处，因此有人认为日语应该属于藏缅语族。
除了以上五种观点外，还有学者认为日语应该属于南岛语系。日语和南岛语在词义上有相似之处，但像阿尔泰语一样缺少同源词。
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