以下日本留学的费用显示的是日本大学入学第一年缴纳金的平均额(日本学生)。第一年的缴纳金一般包括入学金、学费、使用学校设施设备等杂费。对于留学生会有各种奖学金以及学费减免制度(比如：学费可以减免30%~全免)以减少个人负担的学费。
学部生 第一年平均缴纳金：
国立 817,800 日元 8,178 美元
公立 936,435 日元 9,364 美元
私立 医学 5,164,096 日元 51,641 美元
牙科学 4,953,511 日元 49,535 美元
药学 2,125,308 日元 21,253 美元
艺术 1,698,041 日元 16,980 美元
保健 1,547,292 日元 15,473 美元
理工1,376,076 日元 13,761 美元
农学、兽医 1,361,705 日元 13,617 美元
体育 1,290,065 日元 12,901 美元
家政 1,213,298 日元 12,133 美元
文学、教育 1,177,924 日元 11,779 美元
社会福利 1,140,801 日元 11,408 美元
神学、佛教 1,121,026 日元 11,210 美元
法学、商学、经济 1,106,493 日元 11,065 美元
别科 638,356 日元 6,384 美元
大学院修士第一年平均缴纳金：
国立 817800日元 8178美元
公立 903342日元 9033美元
私立 人文科学 882030日元 8829美元
社会科学 927487日元 9275美元
教养 971347日元 9713美元
理学 1070950日元 10710美元
工学 1201641日元 12016美元
农学、兽医学 1014753日元 10148美元
保健 1118232日元 11182美元
医学 937369日元 9374美元
药学 1006944日元 10069美元
家政 990550日元 9906美元
艺术 1473741日元 14737美元
(以上数据由文部科学省提供)
上述费用为没有奖学金或进行学费减免的情况下的平均值
由于文部省的各项调查并非每年进行，因此以上数据并非来自同一年份。是为所有相关条目下最新数据。
不管国公立还是私立的大学，在入学第一年都需要缴纳一笔20~30万日元不等的入学金，这是因为日本虽然和中国一样有统一的入学考试，但是每个大学都还分别设置各自的考试，因此一个学生可能会被几所大学录取，而每所大学的放榜和缴费截止日期又各不相同，因此如果已经缴纳了某一个学校的学费和入学金，后来又被更心仪的大学录取，这时如果想放弃前一所大学，那么这所大学会把学费退还给学生，但入学金是不会退还的。大学以此来确保已缴费的学生不会轻易退学。
