学院设置
2002年，大学重新规划，将九个院系整合成为三所大学院，每个大学院再划分为不同的小学院。三所大学院分别为：艺术、人文与社会科学学院（College of Arts, Humanities & Social Sciences）、医学与兽医学学院（College of Medicine & Vet Medicine）和科学与工程学院（College of Science & Engineering）。三大学院下属一共21个小学院（School）。
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商学院（Business School）（AACSB、EQUIS和AMBA三重认证）
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爱丁堡艺术学院（Edinburgh College of Art）
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莫雷教育与体育学院（Moray House School of Education and Sport）
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神学院（School of Divinity）
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经济学院（School of Economics）
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社会健康科学学院（School of Health in Social Science）
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历史、古典与考古学院（School of History, Classics and Archaeology）
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法学院（Law School）
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文学、语言与文化学院（School of Literatures, Languages and Cultures）
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哲学、心理学与语言科学学院（School of Philosophy, Psychology and Language Science）
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社会与政治科学学院（School of Social and Political Science）
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开放学习中心（The Centre for Open Learning）
爱大科学与工程学院坐落在城市南部的国王校区（King's Buildings），在十八世纪的苏格兰
启蒙运动、
工业革命及日后的世界发展进程中都起到了不可或缺的作用，诞生了众多享誉全球的科学家，包括4名诺贝尔物理学奖和6名诺贝尔化学奖的获得者。下属 7 个小学院（School），为别为：
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生物科学学院（School of Biological Sciences）
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化学学院（School of Chemistry）
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工程学院（School of Engineering）
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地球科学学院（School of GeoSciences）
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信息学院（School of Informatics）
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数学学院（School of Mathematics）
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物理与天文学院（School of Physics and Astronomy）
爱大医学院始建于1726年，是世界著名的医学教育中心之一。在这求学或执教过的世界著名医学家为数众多，比如第一个将清洁消毒引入外科手术的
约瑟夫·李斯特以及发现氯仿可用于手术麻醉的詹姆斯·扬·辛普森等。爱丁堡大学医学院在将近三百年的历史中，诞生了众多的医学家，其中包括7名诺贝尔生理学或医学奖获得者。进化论的奠基人、《物种起源》的作者
查尔斯·达尔文和福尔摩斯系列的作者
阿瑟·柯南·道尔都曾在爱丁堡大学医学院学习。此外，爱大医学院还在许多其他世界著名学府的创立过程中起了重要的作用，比如加拿大的
麦吉尔大学和美国的
宾夕法尼亚大学，她们的医学院都是由爱大医学院培养的医学家所创立并长期执教的。爱大皇家兽医学院由著名的兽医学家威廉·狄克于1823年创立，是英国历史最大、历史最久的兽医学院，其水平不仅是一直是全英第一，而且在世界也处于领先地位。下属2个小学院（School），分别为：
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爱丁堡医学院（Edinburgh Medical School）
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皇家（狄克）兽医研究院（Royal (Dick) School of Veterinary Studies）
