与中国的大学各方面都受制于政府部门不同，日本的大学拥有高度自治权，并且学术自由，受到日本宪法保护（日本国宪法第23条）。不只是私立大学，国立、公立大学也不例外。因为大学的高度自治，所以哪怕日本的执政党是右翼势力，留学生也不需要太担心自己的求学之路会受到干扰。
日本国立大学的学费统一为535，800日元一年。即使汇率大幅动荡，也能将换算后的学费稳定在3万人民币左右，其费用远低于与其同等层次的欧美大学及日本国内的私立大学。此外，国立大学的留学生很多能够享受学费半免的待遇，部分优秀的留学生还可以享受全免及奖学金待遇。
地处都市圈的国立大学可谓是各方面无可挑剔，而位于地方的国立大学则时常会因其较偏远的地理位置而稍处劣势。
日本对于“地方”的定义是指“三大都市圈”以外的地区。在这里“三大都市区”指的是：首都圈（东京都，神奈川县，千叶县，埼玉县），中京圈（名古屋所在的爱知县，岐阜县，三重县）以及近畿县 （大阪府，京都府，兵库县，滋贺县，奈良县，和歌山县）。然而实际上，岐阜县、三重县、滋贺县、奈良县，和歌山县在很多时候也是被当作“地方”。位于“三大都市圈”以外的国立大学则被称之为“地方国立”。
留学生无法成为日本的公务员，在就职方面来讲，地方的企业数量比较少，其中收留学生的企业就更少了。如果毕业后计划回国工作，那么地方国公立大学是不二之选。但是如果想留在日本就职，大三大四期间就不得不奔波往返于都市圈（日本大公司一般选择在都市圈召开说明会，座谈会及面试），对于就职生而言，精力及金钱方面都会是一个考验。这也是为什么有不少日本学生和留学生会优先选择在都市圈的名牌私立大学就读的原因。当然，对于想在学术的道路上继续深造（尤其是理科生）亦或减轻家里负担的留学生来说，在地方国立上学也是不错的选择。地方缓慢的生活节奏和安静的环境很适合长期居住生活居住。
二、公立大学
公立大学由日本各都、道、府、县（相当于中国的省级行政单位）的地方政府直接出资和运营，总数为86所。大部分都、道、府、县都至少拥有一所。公立大学普遍规模较小，但也有如首都大学东京、名古屋市立大学、大阪市立大学等规模较大的院校。
跟国立大学一样，公立大学的学费十分便宜。公立大学中单科大学或者中小型的综合大学的构成，注定了其“小而精”的特点。所以对于想要在特定专业方面深入学习研究的学生来说，公立大学是个不错的选择。此外，由于大多数公立大学相较于国立大学来说知名度不高，且可选择专业较少，录取要求相比国立大学较低。但较低的录取要求并不意味着上升的合格率。诸多公立大学如首都大学东京、名古屋市立大学以及大阪市立大学，都拥有不低于都市圈国立大学的科研实力及优越的地理位置。这样的优势吸引了不少优秀的留学生报考，因此在考试选拔的过程中仍存在着一定的竞争压力。
三、私立大学
私立大学由日本民间的财团出资和运营，总数占全日本大学的77% 以上。私立中的名校如庆应义塾大学和早稻田大学，学校规模大，并且学术水平毫不逊色于一流国立大学。因此，很多私立名校在日本的大学排名中名列前茅。由于财团运营的大学，私立大学的学费相较于国公立大学贵一些。不过，私立大学对留学生也都有不同程度的学费减免，以此来吸引更多优秀留学生报考。
在日本升学咨询中，私立大学的教学质量经常收到一些质疑，其中原因主要归结于学校基数大，因此难免会有部分学校教学质量无法保证。但是，在私立大学中也不乏水平一流、媲美部分一流国公立大学的学校，该类院校也因入试难度高而被称为“难关大学”。
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