岐阜药科大学设有药学部,药学部下设制造药学科和厚生药学科两个学科(入学定员120人),同时在大学院设有博士前、后期课程。从2006年度开始,导入了药学部6年制度,将此前的2学科进行改组,重新编制成了毕业后可以取得药剂师国家考试资格的6年制药学科(入学定员100人),和以培养研究者为目标的4年制药科学科(入学定员40人)。
虽然从药科学科毕业之后无法直接取得药剂师国家考试资格,但如果在药学研究科进修1年硕士课程之后就可以取得考试资格了。岐阜药科大学采用了中期日程入学试验,作为地方公立大学,校内岐阜县出身的学生只占10%左右,这在地方公立大学中是很少见的。
2004年度毕业生参加药剂师国家考试合格率为90.3%。包括大学院在内的学生总数约640人。专职教师65名(其中52人具有博士学位)。
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