香港科技大学有5个学院,分别为理学院、工学院、工商管理学院、人文社会科学学院及霍英东研究院,并将设立第6个学院,创新与科技管理学院。前3者提供本科生及研究生课程;人文社会科学学院主要开办研究生课程,并且已于2011学年开办第一个学士学位课程(环球中国研究:人文及社会科学理学士),同时为全校本科生提供通识教育;霍英东研究院位于广东省广州市南沙区,以扩大科大在学术研究方面的影响力。
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理学院
生物化学
生物学
化学
数学
物理学
应用物理学
大气环境科学
海洋环境科学
分子生物医学科学
理学院设有五个学系,包括生物化学、生物学、化学、数学和物理学系。学生人数1800左右,约占全校的四分之一。
理学院与多间海外知名大学,建立了一个紧密联系的国际交流计划,为同学们提供本校以外的学习机会,体验海外学习生活模式。计划自1996年成立至今,已有多位内地同学参加,均获益良多,今后还将进一步扩大交换地区和名额。
工学院
化学工程学
化学及生物产品工程学
化学及环境工程学
土木工程学
土木及环境工程学
土木及结构工程学
土木基建工程及管理
计算机工程学
计算机科学
计算机科学 — 资讯工程